Sau mỗi vụ lúa, lượng rơm rạ để lại cho đất rất lớn. Đây là một nguồn lợi rất lớn cho đồng ruộng với một thời lượng đủ dài cho chúng phân hủy. Tuy nhiên, trên đất trồng lúa liên tục mà không đủ thời gian cho rơm rạ cũ phân rã thì chúng sẽ gây ngộ độc cho lúa. Theo một kết quả nghiên cứu cho thấy, xác bã thực vật đã làm hạn chế sự phát triển của cây trồng do trong quá trình phân hủy chúng sinh ra độc tố. Độc tố được sinh ra do quá trình phân hủy chất hữu cơ đã cản trở sinh trưởng không chỉ những cây trồng khác mà chính những cây trồng đó. Phân tích sinh học của quá trình phân hủy rơm rạ trong đất được tiến hành trong phòng thí nghiệm và đồng ruộng cho thấy những chất độc phenol được tìm thấy như P-coumaric, syringic acid. Tách chiết dung dịch xác bã rơm rạ phân hủy trong đất cho thấy sự phát triển của cây mạ và những cây trồng khác giảm có ý nghĩa so với đối chứng. Lượng đạm trong đất cũng có sự sai khác, hàm lượng đạm amôn và đạm nitrat ở vụ thứ nhất cao hơn vụ thứ hai. Độc tố do quá trình phân hủy rơm rạ có thể làm giảm tác dụng của cả hai loại đạm trên. Sự xuất hiện độc tố trên những cánh đồng trồng lúa liên tục thường xuất hiện trên những cánh đồng thiếu nguồn nước ngọt, hệ thống thủy lợi nội đồng không tốt làm cho quá trình thoát thủy kém.