Theo đánh giá của nhiều chuyên gia trong ngành sản xuất phân bón, hiện nay dù vụ thu hoạch lúa tại hầu hết các vùng trong cả nước đều đạt kết quả tốt, sản lượng cao và mức tiêu thụ phân bón của nông dân cũng khá cao, nhưng đối với nhiều nhà sản xuất phân bón trong nước tình hình lại không mấy sáng sủa. Trong đó có không ít cơ sở sản xuất bắt đầu lâm vào khó khăn, thậm chí thua lỗ. Có rất nhiều lý do khiến cho sản xuất phân bón không đạt được kỳ vọng về mức tăng trưởng, nhất là về hiệu quả sản xuất, như: thiếu nguyên liệu sản xuất, thiếu vốn lưu động, thị trường cạnh tranh quyết liệt, nhất là sự xuất hiện của các loại hàng giả, hàng nhái kém chất lượng, v.v...

Nhưng nguyên nhân xuyên suốt cả một giai đoạn và tác động đến nhiều doanh nghiệp, nhất là các doanh nghiệp Nhà nước (DNNN), lại là sức ép của đầu vào và đầu ra. Các doanh nghiệp sản xuất phân supe lân cho biết, mặc dù giá quặng apatit và giá than cho sản xuất được giữ tương đối ổn định, nhưng giá lưu huỳnh nguyên liệu lại liên tuc tăng cao, thậm chí đã lên đến trên 860 USD/tấn, gấp nhiều lần cách đây một năm, trong khi tỷ trọng về giá lưu huỳnh trong sản phẩm supe lân lại rất cao, nên khi giá bán sản phẩm vẫn phải giữ bình ổn theo chỉ đạo chung, đã khiến doanh nghiệp không còn khả năng bù lỗ sản xuất.

Đặc biệt, sản xuất phân NPK, nhất là các loại phân NPK dinh dưỡng cao, cũng chịu hậu quả của việc tăng giá các loại nguyên liệu đầu vào. Suốt từ đầu năm đến nay, giá các loại nguyên liệu sản xuất của sản phẩm này như DAP, MAP, SA, Urê, MOP (kali) tăng quá mạnh và đột biến khiến cho nhà sản xuất rất khó đối phó khi giá đầu ra bình ổn. Cũng vì những lý do về giá như trên mà một số doanh nghiệp sản xuất phân bón, thậm chí có doanh nghiệp lớn nhất nhì nước ta, đã không giữ được mức tăng trưởng cũng như hiệu quả sản xuất và đã bắt đầu xuất hiện lỗ.

Một vấn đề đang được đặt ra tại thị trường phân bón nước ta là trong khi các nhà sản xuất, nhất là các DNNN bình ổn giá bán phân bón do mình sản xuất, thì giá phân bón đến tay nông dân vẫn không hề thấp. Nguyên nhân của vấn đề này có thể có nhiều, nhưng có thể dễ dàng nhận thấy là để sản phẩm phân bón đến tay người dùng, còn phải qua mấy tầng đại lý, cơ sở phân phối. Một trong những lý do mà nhà sản xuất và người dùng phân bón cùng kêu trời chính là ở khâu này. Để chính sách bình ổn giá phân bón của Chính phủ thực sự mang lại lợi ích cho người nông dân, các cơ quan quản lý, nhà sản xuất còn rất nhiều việc phải làm. Có thể có một số nhà sản xuất cho rằng, bắt đầu từ tháng 7/2008 giá một số mặt hàng sẽ được "tháo khoán" và "nín thở" chờ đợi. Nhưng xem ra đây không phải là cách hành xử đúng đắn và chính điều này sẽ làm suy giảm các nỗ lực phát triển thương hiệu và thị phần của nhà sản xuất.

Để giảm bớt sức ép trong giai đoạn khó khăn hiện nay, các nhà sản xuất cần một lần nữa xem xét lại chi phí đầu vào sản xuất của mình, kiên quyết cắt bỏ những chi phí không hợp lý để giảm giá thành sản xuất, đồng thời xem lại cả khâu đại lý phân phối và con đường đi của sản phẩm phân bón từ cổng Nhà máy đến tay người nông dân. Các cơ quan quản lý các cấp cũng cần kiểm soát chặt chẽ hơn nữa chất lượng phân bón trên thị trường và có những hình thức xử phạt thật nghiêm đối với những hành vi gian lận làm tổn hại người tiêu dùng và người sản xuất chân chính. Thị trường phân bón lại bắt đầu nóng lên khi vụ Hè Thu vào cao trào, đây là bàn đạp để cho các doanh nghiệp sản xuất phân bón vươn tới hoàn thành toàn diện kế hoạch cả năm 2008.