Tuyệt đối không được dùng phân hữu cơ tươi, phân bắc để bón, tưới cho rau. Các loại phân hữu cơ chỉ nên bón khi đã được ủ thật hoai mục hay đã xử lý diệt khuẩn tốt. Không nên dùng các loại nước thải sinh hoạt chưa qua xử lý để tưới cho rau. Phân rác tươi xét về khía cạnh an toàn cho sản phẩm không nên bón cho rau, vì trong các loại phân rác này có thể còn chứa các loại kim loại nặng. Tránh bố trí nơi trồng rau gần nguồn nước thải của khu công nghiệp, bệnh viện, nghĩa trang... Nước tưới nên dùng nước sạch, không dùng các loại nước trong ao tù, đọng để tưới, nếu dùng nước hồ chứa phải đảm bảo nước không bị nhiễm bẩn. Các loại phân đạm khi bón cho rau, đặc biệt là các loại rau ăn lá, càng phải pha loãng, càng loãng càng tốt và nên tưới vào gốc, không nên tưới vào lá. Ngưng bón đạm trước khi thu hoạch 7-10 ngày đối với rau ăn lá và 10-15 ngày đối với những loại rau ăn củ, quả. Đối với các loại phân bón lá, chỉ nên sử dụng các loại phân bón lá có trong danh mục phân bón được phép sử dụng và lưu hành ở Việt Nam để bổ sung thêm dinh dưỡng cho cây trong trường hợp cần thiết, phải tìm hiểu và thực hiện đúng thời gian cách ly hợp lý trước khi thu hoạch, cùng nồng độ bón, liều lượng bón để tránh nguy cơ tồn dư trong rau các chất có hại cho người và vật nuôi. Cần hạn chế đến mức tối đa việc sử dụng các chất kích thích và điều hòa sinh trưởng trên cây rau.