Hiện nay, giá các nguyên liệu đầu vào đang tăng chóng mặt: điện tăng 15,28%, xăng tăng 2.900 đ/lít, các nguyên liệu phải nhập khẩu như SA, lưu huỳnh, kali… đều tăng từ 30%, thậm chí tăng gấp đôi. Theo thông tin từ CTCP Supe Phốt phát và hóa chất Lâm Thao, giá lưu huỳnh tăng từ 189 USD/tấn lên 230 USD/tấn. Giá SA nhập khẩu vào khoảng 4,5 triệu/tấn, tăng gần gấp đôi so với thời điểm thấp nhất của 3 tháng trước, giá quặng apatit tăng lên 7%. Trong khi đó, tất cả các nguyên liệu nhập khẩu đều phải chi trả bằng ngoại tệ, trong khi giá đồng USD đang tăng khá mạnh. Những chi phí này đã đẩy giá thành sản xuất phân bón lên khoảng 14%.

Ngoài ra, các doanh nghiệp phân bón còn phải chịu thêm nhiều chi phí tăng cao như: Phí vận tải đường bộ tăng lên khoảng 20%. Trong tháng 3/2011, chi phí vận tải đường biển cũng sẽ tăng thêm khoảng 7% nữa. Giá hạt nhựa nhập khẩu cũng tăng khoảng 20% làm ảnh hưởng giá thành bao bì tăng theo. Theo các doanh nghiệp phân bón thì nếu có tăng giá lên 15% trong năm 2011 thì cũng không thể đảm bảo lãi bằng năm 2010. Do đó, các doanh nghiệp đều muốn tăng giá đầu ra, tuy nhiên mức tăng giá cũng phải có lộ trình nhằm không ảnh hưởng quá lớn đến người nông dân. Vì vậy, hiện hầu hết các doanh nghiệp trong ngành đều thực hiện tăng giá thêm khoảng 4-5% vào đầu tháng 3/2011